Como executar um único comando em vários arquivos para converter o formato de arquivo?

Question

Estou tentando converter o formato de arquivo para fausar fqno seqkitterminal Linux. O comando é simples conforme mostrado abaixo.

seqkit fq2fa Std_metabat2_bin.9_sub.fa -o Std_metabat2_bin.9_sub.fq -j 20 

Mas tenho mais de 200 arquivos ( faarquivos de caixas de metagenoma) e estou me perguntando se existe uma maneira melhor do que converter um arquivo de cada vez.

Answer 1

Uma solução é usar um forloop para converter todos os .faarquivos do diretório:

for file in *.fa; do seqkit fq2fa "$file" -o $(basename "$file" .fa).fq -j 20; done