Script Bash para leitura de vários arquivos

Question

Tenho vários scripts R para ler (até 3, ou seja, tr1.R, tr2.R, tr3.R).
O script bash para ler um único script é fornecido abaixo

#!/bin/bash
#PBS -l nodes=1:ppn=10,walltime=00:05:00
#PBS -M 
#PBS -m e
module load R/4.0
Rscript ~/tr1.R

Eu tentei o seguinte, conforme sugerido por@cas

#!/bin/bash
#PBS -l nodes=1:ppn=10,walltime=00:05:00
#PBS -M 
#PBS -m e
module load R/4.0
**Rscript ~/tr"$i".R**

Além disso, o trabalho é enviado usando

for i in {1..3} ; do
  qsub -o "default.$i.out" -e "errorfile$i" -v i script.sh
done

Isso não poderia ser lidoRscript ~/tr"$i".R.

Answer 1

Isso é rápido e sujo:

#!/bin/bash

echo -e "Printing script.......\n"

y=0
for (( y=0; y <= 9; y++ ))
do
   echo "file tr$y.R contents: "
   cat tr$y.R
   echo ""   
done

Answer 2

Que tal resolver isso em R assim,

combinado.R:

source (tr1.R)
source (tr2.R)
source (tr3.R)

ou assim.

combinado.R:

for (i in c(1:9)) {
    filename <- paste ("tr", i, ".R", sep="")
    if (file.exists (filename)) {
        source (filename)
    }
}

E então você pode carregar combined.R:

#!/bin/bash
#PBS -l nodes=1:ppn=10,walltime=00:05:00
#PBS -M 
#PBS -m e
module load R/4.0
Rscript ~/combined.R

---

Ah, vejo agora que você deseja executar trabalhos em paralelo. A solução que postei não executa jobs em paralelo, mas deixarei a resposta aqui. Talvez alguém ache isso útil. Talvez você possa aplicar algo assimhttps://www.blasbenito.com/post/02_parallelizing_loops_with_r/ou istohttps://stackoverflow.com/questions/38318139/run-a-for-loop-in-parallel-in-r.