conte e imprima a frequência de '0', '1' e 'NA' em cada linha após a linha do cabeçalho

Question

Chr     start   stop    superfamily     TE      pres/abs        88      108     139     159     265     350     351     403     410     424     428     430     506     544     546     6
1       8667    8700    MuDR    ATDNAI27T9A     presence        NA      0       0       0       0       0       0       0       0       0       0       NA      0       0       0       0
1       10585   10600   Gypsy   ATHILA6A        presence        NA      0       0       0       0       NA      0       0       0       0       0       0       0       0       0       0
1       15091   15099   Copia   ATCOPIA13       presence        0       0       0       0       0       0       0       0       0       0       0       0       0       0       0       0
1       15894   15898   Gypsy   ATGP1   presence        0       0       NA      0       NA      0       0       0       0       0       1       0       0       0       0       NA      1
1       20514   20532   MuDR    VANDAL8 presence        NA      0       NA      NA      NA      NA      NA      1       0       NA      NA      NA      0       0       0       NA      NA
1       20530   20537   Gypsy   ATGP1   presence        NA      0       0       NA      NA      NA      NA      1       0       NA      NA      NA      0       0       0       NA      NA

A seguir está o que tentei obter a frequência de '0' e '1'

cat file.bed|awk '{if(NR>1){for (i = 1; i <= NF; i++) if($i==0)print}}'|awk '{count=0;if(NR==1){print $0"\tcount"}else{for (i=8; i<=NF; i++){if ($i==1){count++}}print $0"\t"count}}' > x

Meu código não está me dando a saída correta

Como posso corrigir meu código para adicionar três colunas no final do meu arquivo de saída, o que me dá a contagem de 0, 1 e NA?

0, NA e 1 precisam ser contados da segunda linha em diante. Nas colunas 0, NA e 1 precisam ser contados da sétima coluna em diante

Saída desejada:

Chr     start   stop    superfamily     TE      pres/abs        88      108     139     159     265     350     351     403     410     424     428     430     506     544     546     6 count0 count1 countNA freq0 freq1 freqNA 
1       8667    8700    MuDR    ATDNAI27T9A     presence        NA      0       0       0       0       0       0       0       0       0       0       NA      0       0       0       0 14 0 2 0.87 0 0.12

Answer 1

awk 'BEGIN{ FS=OFS="\t" }
    NR==1 { print $0, "0s", "1s", "NAs" }
     NR>1  { for(i=7; i<=NF; i++) { NAs+=$i=="NA"; ones+=$i==1; total++ };
             print $0, total-ones-NAs, ones, NAs; NAs=ones=total=0;
}' infile >outfile

NAsvariável conta as ocorrências de "NA"s.
onesvariável conta as ocorrências dos "1"s.
totalconta o total de campos visitados do 7º ^último campo (isso pode ser removido, mas usei para maior clareza ^* ).
total-ones-NAsé a contagem de "0" (subtraindo uns e NAs do total). NAs=ones=total=0redefine as variáveis ​​para a próxima linha.

---

^{*: poderíamos remover total++e substituir total-ones-NAspor NF-6-ones-NAs.}