Eu uso backintime, você pode fazer backup backintime -bcomo usuário (não root, mas posso mudar isso se necessário). Agora gostaria que começasse assim que conectar meu HD de backup. Como o udev é provavelmente a ferramenta certa, há um monte de informações: http://sprunge.us/icCa. Pontos de bônus se for possível atribuir um rótulo ao disco ("backup") e compará-lo, não com números de série.
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Eu faço exatamente isso no meu computador. Prefiro combinar pelo número de série, pois acho mais preciso. O Udev pode corresponder por modelo, mas o IIRC não por dispositivo específico (ou seja, se você tiver duas unidades do mesmo modelo, ele será executado em ambos). Conseqüentemente, o script para chamar backintime é um pouco mais complicado do que você esperaria. Além disso, você não quer necessariamente que o backintime seja executadotoda vezo HD está conectado (por exemplo, se estiver restaurando arquivos), então também adicionei uma caixa de diálogo com tempo limite. Existem algumas outras melhorias, então confira o códigoaqui.
O script é executado backintime como root, para que eu possa fazer backuptodosarquivos. Se você deseja executar como usuário, você pode tentar sudo -u $CURRENTUSER backintime -b, mas não consigo pensar em algo negativo para executar como root. (Além de ter que executar a versão GUI raiz do backintime.)
A única outra coisa é que meu script foi escrito para ser usado com um HD criptografado por LUKS. Se isso não for relevante para você, o script exigirá algumas pequenas modificações. Deixe-me saber se precisar de ajuda com isso.