Consegui fazer o GNU Screen começar a contar janelas com o número 1 em vez do padrão 0 com este código em meu .screenrc:
# Get rid of screen 0
bind c screen 1
bind ^c screen 1
bind 0 select 10
Quando criei janelas em .screenrc, usei screen 1
para que primeiro tentasse 1 e depois contasse se o número da janela fosse obtido.
Responder1
A solução é modificar ~/.tmux.conf
para:
# Start windows and panes at 1, not 0
set -g base-index 1
setw -g pane-base-index 1
Editar: diferentemente do índice base, o índice base do painel é uma opção de janela, então setw deve ser usado, como @Jogusa apontou.