
Na página GitHubConversor dcm2nii DICOM para NIfTI (README):
… você pode querer invocar opções adicionais, por exemplo, a chamada
dcm2niix -z y -f %p_%t_%s -o /path/output /path/to/dicom/folder
salvará os dados como compactados gzip, com o nome do arquivo baseado no nome do protocolo (%p), tempo de aquisição (%t) e número de série DICOM (%s), com todos os arquivos salvo na pasta "saída". …
Existe um comando que permite salvar imagens em pastas separadas com base no nome do protocolo?