Alguns anos atrás, encontrei algo em um gerenciador de pacotes que adicionava um item de menu de contexto que me permitia abrir arquivos e salvá-los normalmente, sem ser incomodado com as permissões dos arquivos. Alguém pode me lembrar qual era o nome disso, por favor?
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Me deparei com isso em uma pesquisa: nautilus-gksu.
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Eu acredito que você está procurando gksudodesde ogksupacote.