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Estou escrevendo minha tese com base em documentclass{report}. Ele usa meu próprio estilo (algumas outras informações sobre eleaqui) e tudo funciona perfeitamente.
Agora, de acordo com os requisitos da minha Universidade, eu deveria incluir --- como apêndice --- em minha dissertação os artigos que escrevi enquanto a fazia. Esses artigos também são escritos em LaTeX, mas são escritos usando o documentclass{IEEEtran}, que, claro, usa seu próprio estilo IEEE dependendo se for um artigo ou anais de conferências.
Minha pergunta é: posso usar algum dos pacotes mencionadosaquiincluir o código dos meus trabalhos na minha tese? Haverá algum problema com o hyperrrefpacote ou qualquer outro?
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O que você está tentando alcançar parece ser um tanto incômodo, pois as partes individuais do seu documento terão estilos totalmente diferentes. Aqui está uma sugestão que atenua esse problema: basta incluir os artigos que você publicou como estão (ou seja, como PDFs). Isso é relativamente simples e permitirá que você alcance o que deseja.
Mais alguns detalhes podem ser encontrados aqui:
https://stackoverflow.com/questions/2739159/inserindo-um-pdf-file-in-latex