Gostaria de usar o pacote glossários com a opção counter=section. Isso funciona bem desde que eu não use nenhuma entrada do glossário no apêndice. Parece que o contador de seções foi zerado pelo \appendixcomando. Acontece que a seção A.1 é chamada de 1.1, B.1 é chamada de 2.1 e assim por diante.
Estou usando o script makeglossaries e um exemplo mínimo é:
\documentclass{report}
\usepackage[counter=section]{glossaries}
\makeglossaries
\newglossaryentry{gte}{name=GTE,description={Glossary Test Entry}}
\begin{document}
\chapter{Normal chapter}
\section{Normal section}
This is section 1.1 without a glossary entry.
\chapter{Normal chapter}
\section{Normal section}
A \gls{gte} in section 2.1.
\appendix
\chapter{Appendix chapter}
\section{Appendix section}
A \gls{gte} in appendix A.1.
\printglossary
The glossary indicates appearance in 1.1 and 2.1 instead of 2.1 and A.1.
\end{document}
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Atualize para glossariesa versão 3.05 (depois de passar pelos espelhos CTAN).