Recentemente atualizei do Ubuntu 12.04 para o Ubuntu 13.10 e tive que reinstalar o TexLive 2013 e o TeXWorks. A composição tipográfica comum com pdfLaTeX funciona bem. Porém, quando tento rodar o BibTeX, a única saída do console é "Permissão negada" e ele não compila a bibliografia.
Eu tentei compilar em outra máquina com os mesmos arquivos tex e bib e funciona bem, então sei que meus arquivos de origem estão bem e o problema deve estar na forma como o LaTeX está instalado.
Pensei que desde o erro mencionava permissões, que de alguma forma eu o havia instalado para que apenas o usuário root pudesse acessar o BibTex. Tentei abrir o TeXWorks como root (via sudo texworks) e depois usei essa versão do TeXWorks para compilar, mas não consegui nem compilar usando o pdfLaTeX.
Como posso alterar as configurações do TeXWorks e/ou TeXLive para fazer o BibTeX compilar novamente?
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Eu encontrei o problema. Eu tinha dois diretórios diferentes para composição tipográfica salvos nas preferências do TeXWorks. Um diretório pertencia ao root e o outro ao meu usuário. Ambos os diretórios continham uma cópia do BibTeX e o TeXWorks estava automaticamente tentando usar aquele de propriedade do root, retornando o erro de permissão. Removi o diretório de propriedade do root das preferências e ele está funcionando novamente!