Usando o chemnumpacote, encontro problemas ao substituir rótulos temporários em arquivos EPS. A princípio pensei que fosse um chemnumproblema, mas o resultado é o mesmo usando psfragem vez de chemnum. O problema é: não apenas meus rótulos temporários são substituídos (corretamente), mas também outros caracteres presentes no EPS simplesmente desaparecem (mas não todos).
Em anexo você vê à esquerda meu EPS e à direita o que recebo no PDF produzido pelo PDFLaTeX.
Acho que o problema é a configuração da fonte.
Se você tiver apenas no preâmbulo
\renewcommand{\familydefault}{\sfdefault}
tudo parece bem.
Adicionando
\renewcommand{\sfdefault}{phv}
ou também usando
\usepackage{helvet}
dá uma estranha substituição de caracteres no EPS.
Então, provavelmente, a pergunta mais exata é: Como posso definir minha fonte para uma fonte sem serifa funcionando psfrag?
\documentclass[a4paper]{article}
\usepackage[english]{babel}
\usepackage[utf8]{inputenc}
\usepackage{amsmath}
\usepackage{amssymb}
\usepackage{amsfonts}
\usepackage{amstext}
\usepackage{amsthm}
\usepackage[babel]{csquotes}
\usepackage{fancybox}
\usepackage[hang,center,nooneline,labelfont=bf]{caption}
\usepackage{kvoptions}
\usepackage[plainpages=false, pdfpagelabels,pdftex]{hyperref}
\usepackage{siunitx}
\usepackage{varioref}
\usepackage{endnotes}
\usepackage{booktabs}
\usepackage{supertabular}
\usepackage{picinpar}
\usepackage{graphicx}
\usepackage{auto-pst-pdf}
\usepackage{psfrag}
\usepackage{chemnum}
\setchemnum{replace-tag=temp}
\usepackage[version=3]{mhchem}
\usepackage{geometry}
\usepackage{textcomp}
\usepackage{listings}
\renewcommand{\sfdefault}{phv}
\renewcommand{\familydefault}{\sfdefault}
\linespread{1.05}
\makeindex
\usepackage[backend=biber,style=chem-angew]{biblatex}
\addbibresource{references.bib}
\usepackage{floatrow}
\newfloat{scheme}{htbpH}{test}%[section]
\floatname{scheme}{Scheme}
\begin{document}
\begin{figure}[H]
\replacecmpd{alc}
\replacecmpd{Br}
\begin{center}
\includegraphics[scale=0.75]{test.eps}
\label{test}
\caption{test}
\end{center}
\end{figure}
\end{document}