A plotagem com pgfplots e a biblioteca externa cria PDFs únicos para cada plotagem conforme desejado. Mas cada um desses PDFs contém várias páginas, cada uma mostrando o mesmo gráfico. Às vezes são três páginas, às vezes muito mais. Não consegui descobrir o que desencadeia a quantidade de páginas.
Como apenas a primeira página está incluída no documento mestre, obtenho resultados corretos. Mas acho que a compilação fica um pouco mais lenta, porque todas as páginas iguais precisam ser criadas individualmente. Quando comparo a compilação com e sem a biblioteca externa, passo muito mais tempo com ela.
Ele se comporta igualmente para você? O que poderia ser feito a respeito?
Editar: exemplo mínimo. Parece que o pacote floatrow é o problema aqui... Neste caso dois arquivos são gerados. Se você descomentar \tikzsetnextfilename{testplot} você obterá apenas um arquivo, mas com duas páginas nele.
\documentclass{standalone}
\usepackage{floatrow}
\usepackage{pgfplots}
\usepgfplotslibrary{external}
\tikzexternalize[mode=list and make]
\tikzset{external/system call={lualatex \tikzexternalcheckshellescape -halt-on-error -interaction=batchmode -jobname "\image" "\texsource"}}
\begin{document}
Testplot:
%\tikzsetnextfilename{testplot}
\ffigbox
{}
{\begin{tikzpicture}
\begin{axis}[]
\addplot {sin(x)};
\end{axis}
\end{tikzpicture}}
\end{document}
Edição 2: O arquivo de log também informa que o desenho foi feito duas vezes...
Opening 'test.figlist' for writing.
Opening 'test.makefile' for writing.
\tikzexternal@outmakefile=\write5
Writing 'test-figure0' to 'test.figlist'.
Writing 'test-figure0' to 'test.makefile'.
Writing 'test-figure1' to 'test.figlist'.
Writing 'test-figure1' to 'test.makefile'.
Edição 3: Ao incluir uma imagem PDF simples instalada no tikzpicture, o log também informa duas chamadas...
<test-figure0.pdf, id=4, 248.42511pt x 179.13223pt>
File: test-figure0.pdf Graphic file (type pdf)
<use test-figure0.pdf>
Package pdftex.def Info: test-figure0.pdf used on input line 25.
(pdftex.def) Requested size: 248.42448pt x 179.13177pt.
File: test-figure0.pdf Graphic file (type pdf)
<use test-figure0.pdf>
Package pdftex.def Info: test-figure0.pdf used on input line 25.
(pdftex.def) Requested size: 248.42448pt x 179.13177pt.