Meu exemplo mínimo de trabalho:
\documentclass{report}
\usepackage{amsmath}
\begin{document}
\begin{align}
x_1 = \alpha,\, x_2 = q,\, u = \delta \\
f_1(x_1) &= C_1 \left [ \phi_{z1}(x_1) + \phi_{z2}(x_1)M \right ] \\
f_2(x_1) &= C_2 \left [ \phi_{m1}(x_1) + \phi_{m2}(x_1)M \right ] \\
g_1 = C_1 b_z,\, g_2 = C_2 b_m \\
C_1 = \frac{\bar{q}S}{mV_T},\, C_2 = \frac{\bar{q}Sd}{I_{yy}}
\end{align}
\end{document}
O resultado:
O que eu quero:
Responder1
Pelo que entendi, você deseja obter C_1a última linha movida para a esquerda. (Se não, simplesmente remova \!). No entanto, eu sugeriria substituir ,\,'s por ,\quad's.
\documentclass{report}
\usepackage{amsmath}
\begin{document}
\begin{align}
&x_1 = \alpha,\, x_2 = q,\, u = \delta \\
&f_1(x_1) = C_1 \left [ \phi_{z1}(x_1) + \phi_{z2}(x_1)M \right ] \\
&f_2(x_1) = C_2 \left [ \phi_{m1}(x_1) + \phi_{m2}(x_1)M \right ] \\
&g_1= C_1 b_z,\, g_2 = C_2 b_m \\
&\!C_1 = \frac{\bar{q}S}{mV_T},\, C_2 = \frac{\bar{q}Sd}{I_{yy}}
\end{align}
\end{document}
Responder2
A resposta de Przemyslaw fornece a saída desejada, mas no caso de seu conjunto de equações se tornar mais complexo (por exemplo, você deseja alinhar dois conjuntos de duas equações com pontos de alinhamento diferentes), você pode usar alignedinside gatherapenas para os dois que deseja alinhar:
\documentclass{report}
\usepackage{amsmath}
\begin{document}
\begin{gather}
x_1 = \alpha,\, x_2 = q,\, u = \delta \\
\begin{aligned}
f_1(x_1) &= C_1 \left [ \phi_{z1}(x_1) + \phi_{z2}(x_1)M \right ] \\
f_2(x_1) &= C_2 \left [ \phi_{m1}(x_1) + \phi_{m2}(x_1)M \right ] \\
\end{aligned}\\
g_1 = C_1 b_z,\, g_2 = C_2 b_m \\
C_1 = \frac{\bar{q}S}{mV_T},\, C_2 = \frac{\bar{q}Sd}{I_{yy}}
\end{gather}
\end{document}