Meu problema é que quebras de página e linhas horizontais são inseridas após as seções, alguns capítulos e o sumário. Incluí todo o código, pois não tenho ideia de qual parte dele está causando o problema ou por quê.
\documentclass[letterpaper]{book}
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\usepackage{helvet}
\usepackage{wrapfig}
\usepackage[letterpaper, top=4cm, bottom=2.5cm, left=4cm, right=2.5cm]{geometry}
\usepackage{setspace}
\doublespacing
\usepackage[pdftex]{graphicx}
\renewcommand{\familydefault}{\sfdefault}
\pagestyle{fancyplain}
\fancyhf{}
\fancyfoot[R]{\thepage}
\rfoot{\thepage}
\addto\captionsspanish{\renewcommand*\contentsname{TABLA DE CONTENIDOS}}
\newcommand{\HRule}{\rule{\linewidth}{0.5mm}}
\begin{document}
\frontmatter
%\input{./title.tex}
\tableofcontents
\mainmatter
\section*{MySection}
\addcontentsline{toc}{subsection}{Preface}
\chapter{Introduction}
\section{MySection}
\section{MySection}
\section{MySection}
\subsection{subsect}
Lorem ipsum dolor sit amet, consectetuer adipiscing
elit. Etiam lobortisfacilisis sem. Nullam nec mi et
neque pharetra sollicitudin. Praesent imperdietmi nec ante.
Donec ullamcorper, felis non sodales
\chapter{Chapter2}
\appendix
\chapter{Reproducible Research}
\end{document}
Aquié um documento ativo.
Responder1
As linhas servem para separar os cabeçalhos das suas páginas e o texto. Você pode desativá-los definindo sua largura como 0:
\renewcommand{\headrulewidth}{0pt}
É definido pelo fancyhdrpacote. Eles estão desabilitados por padrão em páginas "especiais", como a primeira página do sumário ou dos capítulos, que utilizam um formato diferente.
As páginas vazias são inseridas porque cada capítulo deve começar como uma página certa. Se você quiser desabilitar isso (o que realmente não deveria), use a openanyopção:
\documentclass[letterpaper,openany]{book}
Você não deve colocar sectionsem chapter, porque isso não faz sentido (seu primeiro section*).