Algumas de minhas notas de rodapé consistem em vários parágrafos. Normalmente, um novo parágrafo será recuado da mesma forma que novos parágrafos são recuados quando não estão nas notas de rodapé. Na tese clássica, porém, algo impede o recuo nas notas de rodapé, mas não consigo descobrir o que é.
Responder1
\deffootnote{0em}{0em}{\thefootnotemark\hspace*{.5em}}
in classicthesis.stydefine as parindentnotas de rodapé como 0em.
A definição original para classes KOMA é
\deffootnote[1em]{1.5em}{1em}{\textsuperscript{\thefootnotemark}}.
Aqui, as parindentnotas de rodapé são definidas como 1em, o que depende do tamanho da fonte. Mais informações deffootnotepodem ser encontradas na documentação do script KOMA.
\documentclass{scrbook}
\usepackage{classicthesis}
\deffootnote[1em]{1.5em}{1em}{\textsuperscript{\thefootnotemark}}%
\usepackage{blindtext}
\begin{document}
\chapter{Der Ententeich}
\blindtext\marginpar{Duckweed is yummy}\par
\blindtext\footnote{\blindtext\par\blindtext}
\end{document}
Claro, esta abordagem só funciona com uma classe KOMA conforme definida \deffootnote. Curiosamente, para uma classe padrão, o autor classicthesisestá usando outro pacote para estilizar notas de rodapé, não se preocupou com o recuo do parágrafo, mas sim com a digitação de uma mensagem no terminal, informando que não é o mesmo que com uma classe KOMA.
Alguém interessado em usar a solução KOMA? Não tem problema, podemos usar package scrextend, quepode fazer mais algumas coisas.
\documentclass{book}
\usepackage{scrextend}
\usepackage{classicthesis}
\deffootnote[1em]{1.5em}{1em}{\textsuperscript{\thefootnotemark}}%
\usepackage{blindtext}
\begin{document}
\chapter{Der Ententeich}
\blindtext\marginpar{Duckweed is yummy}\par
\blindtext\footnote{\blindtext\par\blindtext}
\end{document}