Nas apresentações do beamer produzidas pelo pacote LaTeX-beamer, geralmente faço algo assim:
\documentclass{article}
\usepackage[hidelinks]{hyperref}
\begin{document}
\href{run:myjava.jar}{Open Java Application}
\href{run:mypdf.pdf}{Open a pdf Document}
\href{run:myfile.custom}{Open a custom filetype}
\end{document}
Ao visualizar o pdf resultante com evinceou okulare clicar no link meu sistema Linux abre o arquivo correspondente usando um aplicativo predefinido (acho que é o mesmo usado por gnome-open, exo-openou xdg-open).
Agora, existe alguma maneira de especificar no meu código LaTeX o uso de outro aplicativo para um determinado arquivo que não seja o padrão do sistema? Algo assim:
\documentclass{article}
\usepackage[hidelinks]{hyperref}
\begin{document}
\open[...path to oracle java...]{run:myjava.jar}{Open Java Application with Oracles Java} %%opens with oracle java
\open[... path to openjdk java.. ]{run:myjava.jar}{Open Java Application with openjdk}
\open[..path to okular]{run:mypdf.pdf}{Open a pdf Document with okular}
\open[..path to evince]{run:mypdf.pdf}{Open a pdf Document with evince}
\open[...path to my custom helper application...]{run:myfile.custom}{Open a custom filetype}
\end{document}