Por acaso descobri que o Texshop permitirá que você codifique a codificação do seu arquivo de origem em um comentário, substituindo a codificação de entrada padrão do editor. Por exemplo:
% !TEX encoding = latin1
Eu já conhecia o rootcomando ( % !TEX root = ...), que define o documento principal para projetos com vários arquivos. Aos poucos também descobri sobre o recurso de "tag" personalizado: se você adicionar uma linha como
%: tag name
na fonte, o Texshop incluirá tag nameno menu “Tags” (disponível no topo do documento, não na barra de Menu), o que permite saltar facilmente para o local.
Que outros comandos estão disponíveis? O documento "Dicas e truques" (disponível no menu de ajuda do Texshop) menciona mais alguns de passagem, mas está claramente incompleto, pois encodingnão é mencionado.