Durante a instalação do Lubuntu optei por criptografar todo o meu HDD (não apenas a /homepasta). Agora parece que meu sistema ficou muito lento. Especialmente o tempo de inicialização dos programas aumentou.
Essa criptografia também retarda programas (após o carregamento) que não leem nem gravam no disco rígido?
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Depende de algumas coisas. Criptografar um disco PODE torná-lo mais lento. Por exemplo, se você tiver um SSD capaz de 500 MB/s e, em seguida, fizer criptografia completa do disco usando algum algoritmo longo e maluco, poderá ficar MUITO abaixo do máximo de 500 MB/s. Anexei um benchmark rápido do TrueCrypt.
Há sobrecarga de CPU/memória para qualquer esquema de criptografia.
Você pode ver que se eu apenas usei AES as coisas serão bem rápidas... mas Serpent-Twofish-AES é muitos fatores mais lento.