PDF de árvore de páginas inválido

PDF de árvore de páginas inválido

Eu tenho um documento LaTeX gerado (scripts python, obtendo dados de diferentes fontes) que é então compilado em um pdf com pdfLaTeX.

Geralmente a estrutura do documento é a seguinte

\documentclass[a4paper]{article}
\usepackage{color}
\usepackage{colortbl}
\usepackage{graphicx}
\usepackage{mathrsfs}
\usepackage{array}
\usepackage{booktabs}
\usepackage{times}
\usepackage{natbib}
\usepackage{longtable}
\usepackage[table]{xcolor}
\usepackage{pdflscape}
\usepackage{fancybox}
\usepackage[
  pdftex,
  a4paper,
  colorlinks=false,
  urlcolor=red,
  linkcolor=blue,
  bookmarks=true,
  bookmarksopen=true,
  bookmarksopenlevel=2,
  bookmarksnumbered=false,
  pdfpagemode=UseOutlines
]{hyperref}
% imported from stylesheet

\begin{document}
...

\tableofcontents
...
\section{Section A}
\subsection{Subsection 1}
Generated Text
Generated Plots ...

\includegraphics[width=1.0\textwidth]{...}
\begin{minipage}[c]{0.30\textwidth}
...
\end{minipage}

\end{document}

Até recentemente, os hiperlinks no documento funcionavam perfeitamente. Agora eles estão visíveis (caixas vermelhas no Acrobat Reader) no pdf, mas clicar neles não tem efeito (não pula para a seção correta).

Eu tentei com diferentes visualizadores de PDF e sistemas operacionais.

Interessante é que o evince tem a saída do console

$ evince test.pdf 
Error: Invalid page tree
Error: Invalid page tree
Error: Invalid page tree
Error: Invalid page tree
Error: Invalid page tree
...
failed to look up section.1
failed to look up subsection.1.1
failed to look up subsection.1.2
failed to look up section.2
...

Os \hyperrefs para fontes externas (urls) ainda funcionam.

Como você geralmente depura coisas assim? Problema do pdfLaTeX? Problema de LaTeX?

Editar:

Obrigado pelos comentários. Na tentativa de fornecer um exemplo mínimo, encontrei a linha que o divide:

 \let\thefootnote\relax\footnotetext{ Some text \href{http://url.com}{Link}}

Com esta linha no arquivo .tex, o próprio link externo funciona, mas os hiperrefs no toc estão quebrados (conforme descrito acima). Sem esta linha, os links no toc estão corretos.

Editar2:

\footnotetext{ Some text \href{http://url.com}{Link}}

funciona para mim. O pouco 1da nota de rodapé deve ser ocultado. Eu acho que é isso.

Outra solução alternativa parece ter o mesmo efeito (ou seja, quebra os hiperlinks também):

\makeatletter{\renewcommand*{\@makefnmark}{}\footnotetext{For further explanation refer to \href{http://www.google.com}{Link Text}}\makeatother}

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