No LyX, quando pressiono Ctrl-Enter, recebo eqnarray, que geralmente está obsoleto. Existe uma maneira de alterar a função do comportamento Ctrl-Enter para align?
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Vá para Documento > Configurações > Opções matemáticas. O que você tem para "amsmath"? Se tiver "Não carregar", o comportamento é esperado. Se você tiver "Carregar automaticamente", então este é umBug do LyXque foi corrigido comeste commit, que fará parte do LyX 2.2.0 que será lançado em breve (quer testarbeta 2?). Se você quiser solucionar o problema no LyX 2.1.x, altere "Carregar automaticamente" para "carregar sempre".