Ao usar o ambiente lilypond em LaTeX, você deve primeiro executar lilypond-book em yourdocument.lytex. Isso gera yourdocument.tex no qual você executa o restante dos comandos de construção (pdflatex, bibtex etc.). No entanto, isso significa que você deve fazer todas as edições no arquivo yourdocument.lytex, o que faz com que o synctex não funcione no tex studio. Ou seja, clicar com a tecla Ctrl pressionada em uma palavra no visualizador de PDF incorporado leva você não ao código-fonte correspondente no arquivo .lytex, mas ao código no arquivo .tex, enquanto clicar com a tecla Ctrl em uma palavra no arquivo .lytex aberto no editor não faz nada.
A principal razão pela qual uso texstudio em vez de batchfiles + um editor de texto é que configurar a sincronização entre visualizadores externos e o notepad++ se mostrou bastante difícil, e a maioria dos editores tex exibem a estrutura do documento, na qual confio bastante para navegar pelos documentos. Se houvesse uma solução que fornecesse a funcionalidade que aprecio em editores de texto sofisticados ao usar um programa como o notepad ++, eu também estaria aberto a isso.
A maneira como o lilypond-book adiciona a música ao documento tex é convertendo o código no ambiente lilypond em um arquivo pdf recortado e, em seguida, substituindo o ambiente lilypond no arquivo .lytex por \includegraphics{croppedpdf.pdf}(+ algum código de alinhamento) e salvando o arquivo inteiro como um .tex que pode então ser analisado pelo pdflatex. Se houvesse alguma maneira de dizer ao lilypond para gerar esse arquivo recortado (sem executar o lilypond book), isso forneceria uma terceira solução possível, pois eu poderia incluir manualmente os gráficos usando \includegraphics.
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Esta seção da documentação (http://lilypond.org/doc/v2.18/Documentation/usage/lilypond-output-in-other-programs) explica como criar uma saída recortada em pdf, eps ou png usando lilypond.