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Como colorir referência cruzada com modelo de látex de bioinformática oxford?

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Como colorir referência cruzada com modelo de látex de bioinformática oxford?

Eu uso o modelo de látex de bioinformática oxford disponível em:

http://www.oxfordjournals.org/our_journals/bioinformatics/for_authors/cabios-template.zip

O conteúdo do arquivo principal é modificado apenas adicionando pacotes e uma tabela vazia na seção de métodos.

Se eu carregar o pacote hyperref (linha 6), um erro será gerado:Package calc Error: 'D' invalid at this point.

É possível usar hyperref neste modelo de látex?

Obrigado pela ajuda

Observação:Coloquei o modelo no sharelatex, você pode testá-lo ao vivo (são necessárias 2 compilações):https://fr.sharelatex.com/project/582c3477343d34b37017330e

\documentclass{bioinfo}
\usepackage{caption, slashbox,multirow}
\usepackage{algorithm,algorithmicx}
\usepackage{amsmath,mathtools}
\usepackage{lmodern,microtype}
%\usepackage[unicode,colorlinks,citecolor={blue},urlcolor={blue},breaklinks]{hyperref}
\usepackage{hypcap}
\copyrightyear{2015} \pubyear{2015}
\access{Advance Access Publication Date: Day Month Year}
\appnotes{Manuscript Category}

\begin{document}
\firstpage{1}

\subtitle{Subject Section}

\title[short Title]{This is a title}
\author[Foo \textit{et~al}]{Foo\,$^{\text{\sfb1,2,3,}*}$ \footnote{to whom correspondence should be addressed}}
\address{Bar}


\corresp{$^\ast$To whom correspondence should be addressed.}

\history{Received on XXXXX; revised on XXXXX; accepted on XXXXX}

\editor{Associate Editor: XXXXXXX}

\abstract{\textbf{Motivation:} Text Text Text Text Text Text Text Text Text Text Text Text Text
Text Text Text Text Text Text Text Text Text Text Text Text Text Text Text Text Text Text Text
Text Text Text Text Text Text Text Text Text Text Text Text Text Text Text Text Text Text Text
Text Text Text Text Text Text
Text Text Text Text Text.\\
\textbf{Results:} Text  Text Text Text Text Text Text Text Text Text  Text Text Text Text Text
Text Text Text Text Text Text Text Text Text Text Text Text Text  Text Text Text Text Text Text\\
\textbf{Availability:} Text  Text Text Text Text Text Text Text Text Text  Text Text Text Text
Text Text Text Text Text Text Text Text Text Text Text Text Text Text  Text\\
\textbf{Contact:} \href{[email protected]}{[email protected]}\\
\textbf{Supplementary information:} Supplementary data are available at \textit{Bioinformatics}
online.}

\maketitle

\section{Introduction}

\section{Approach}


\begin{methods}
\section{Methods}

Table~\ref{table:new}

\begin{table*}[!ht]
    \processtable{A table \label{table:new}}{}{This is a footnote}
\end{table*}

\end{methods}



\section{Discussion}

%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%
%
%     please remove the " % " symbol from \centerline{\includegraphics{fig01.eps}}
%     as it may ignore the figures.
%
%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%


\section{Conclusion}



\section*{Acknowledgements}

\section*{Funding}

This work has been supported by the... Text Text  Text Text.\vspace*{-12pt}

\bibliographystyle{natbib}
%\bibliographystyle{achemnat}
%\bibliographystyle{plainnat}
%\bibliographystyle{abbrv}
%\bibliographystyle{bioinformatics}
%
%\bibliographystyle{plain}
%
%\bibliography{Document}
\bibliography{document}

\end{document}

Responder1

Adicionar

\let\href\undefined

logo antes \usepackage{hyperref}.

Obrigado a Dai Bowen por identificar o problema e a Stefan Kottwitz por fornecer uma solução semelhante em"Como corrigir um pacote".

Responder2

Apenas um comentário para a solução nº 3: ( \let\href\undefined): NÃO funciona se você compilar com pdflatex. O hyperrefpacote entra em conflito com bioinfo.clse as margens não estão definidas, o que desformata totalmente o papel.

A solução que encontrei é esta:

\let\href\undefined
\usepckage[divpdfm]{hyperref}

e então compile com LaTeX e depois faça dvipdfm your_file.dvi. Um efeito colateral adicional é que, se você usar o graphicxpacote, você terá que usar .epsum formato gráfico para suas figuras (não .png, .jpg, etc.). Um dos muitos programas que você pode usar para alterar o formato é o convertcomando do pacote ImakeMagik.

Responder3

No verso fornece umamodeloda revista Bioinformatics e parece funcionar bem com o hyperrefpacote.

Comparei com o .zipmodelo que foi baixado do site de Bioinformática e percebi que a chngpage.styculpa era essa. (Ainda é uma versão antiga v1.1b, enquanto a v1.2 fez algumas alterações hyperref.)

Portanto, o conselho é excluir todos os .styarquivos do modelo baixado.

Responder4

A solução aceita não funcionou para mim. No entanto, descobri que a maneira mais fácil de resolver esse problema é alterar manualmente a cor da citação, como a seguir:

\renewcommand{\cite}[1]{{\color{blue} \textsc{\citeauthor{#1}} (\citeyear{#1})}} \renewcommand{\citep}[1]{({\color{blue} \textsc{\citeauthor{#1}} \citeyear{#1}})}

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