Estou usando o pacote texshade e me deparei com um problema que esperava que alguém pudesse ajudar.
Estou usando o modo de sombreamento diversificado para comparar sequências de anticorpos mutados com seu precursor de linhagem germinativa não mutado. Há uma inserção nas sequências de anticorpos em relação à linha germinativa. Se eu representar a inserção como "-", a régua perderá uma posição de numeração naquele ponto. Alguém sabe de uma maneira que isso pode ser corrigido?
Agradeço antecipadamente por sua ajuda.
Código Tex:
\documentclass[10pt]{article}
\usepackage{texshade}
\headheight=0pt
\headsep=0pt
\hoffset=0pt
\voffset=0pt
\paperwidth=8.27in
\paperheight=11.69in
\ifx\pdfoutput\undefined
\relax
\else
\pdfpagewidth=\paperwidth
\pdfpageheight=\paperheight
\fi
\oddsidemargin=-0.25in
\topmargin=0.3in
\textwidth=7in
\textheight=11.62in
\pagestyle{empty}
\begin{document}
\newline
\begin{texshade}{aligned.heavy.fasta}
\setsize{features}{footnotesize}
\shadingmode{diverse}
\hidenumbering
\showruler{1}{top}
\setsize{ruler}{scriptsize}
\rulersteps{1}
\shownames{left}
\end{texshade}
\end{document}
E o arquivo alinhado.heavy.fasta:
>germline_comparator
EEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEE-EEEEEEEEEEEEEEE
>seq1
EEEEQEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEETEEEEEEEEEEEEEEE
>seq2
EEEEQEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEAEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEETEEEEEEEEEEEEEEE
>seq3
EEEEQEEEEEEEEEEEEFEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEETEEEEEEEEEEEEEEE
Responder1
Você pode adicionar uma sequência fictícia na segunda linha sem lacunas:
>Dummy
XXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXX
E então use os comandos:
\showruler{2}{top}
\hideseq{2}
usá-lo para numeração e evitar que seja exibido. Isso corrigirá a numeração.