Notei o seguinte comportamento estranho do LuaTeX. Não tenho certeza se é intencional ou não.
O exemplo mínimo é,
fi f{}i f{i} {f}i f\/i \bye
(Este é o documento completo, TeX simples, portanto, nenhum pacote ou qualquer outra coisa para efetuar os resultados)
Aqui está a saída do pdfTeX
O que é o esperado.
E aqui está a saída do LuaTeX
O agrupamento com chaves parece não surtir nenhum efeito, ou seja, não inviabiliza o uso de ligaduras. Os arquivos de log mostram que tanto o pdftex quanto o luatex usam exatamente as mesmas fontes type1, conforme esperado. Portanto, não é uma questão de manipulação do Opentype, que inicialmente suspeitei. Isso é um bug (acho que é) ou comportamento pretendido do luatex?
Estou usando as versões pdftex e luatex do TeXLive 2016 atualizado
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Do manual LuaTeX (versão 0.95)
Usar um kern é a única maneira, pelo que posso ver. Ou \/faria \kern0pt.