Como desenhar um anel Corrin com chemfig?

Question

Da modificação do exemplo da porfirina, cheguei a:

\documentclass[]{article}
\usepackage{chemfig}

\begin{document}
\chemfig{
    a-?[a]=[::+63]*5(
    -N?[b]=(
    -(-[::63]d)=[::-54]*5(
    -N?[c]-(
    =(-[::63]g)-[::-54]*5(
    -N?[d]-(
    -[:180]*5([]
    -N%(-[::-54,1.5]Fe?[b,,dotted]?[c]?[d,,dotted])
    -[,,1]?[a]=-=
    )
    )
    =-=
    )
    )
    -=-
    )
    )
    -=-
    )
}
\end{document}

Abaixo é mostrado o que eu quero, girado 90 graus. Observe que meu problema é o comprimento da ligação e o ângulo do quarto anel. As pequenas diferenças como NH ou ligações duplas eu deveria ser capaz de mudar sozinho.

Answer 1

Vamos fazer isso passo a passo. Vamos também desenhar como na foto. Podemos girá-lo mais tarde. Tendo isso em mente usaremos apenas ângulos relativos para as ligações, ou seja, usaremos a ::<angle>notação.

Primeiro, precisamos decidir onde deve estar a linha de base da molécula, porque isso determina onde precisamos começar a codificar a molécula. Digamos que a linha de base seja o centro vertical da molécula. Então começamos no meio do lado direito:

\chemfig{-[::120]*5(----N=)}

Vamos adicionar o próximo anel:

\chemfig{-[::120]*5(---(=^-[::48]*5(----N=))-N=)}

Vamos adicionar o gancho ?onde queremos que ele fique conectado com a parte inferior.

\chemfig{-[::120]*5(---(=^-[::48]*5(---?-N=))-N=)}

Agora, para a parte inferior – como começaremos do início novamente, iremos codificá-la como um branch, ou seja, dentro ():

\chemfig{
  (=_[::-120]*5(-N=---))
  -[::120]*5(---(=^-[::48]*5(---?-N=))-N=)
}

O último anel:

\chemfig{
  (=_[::-120]*5(-N=(-=_[::-48]*5(-[,,,1]NH----))---))
  -[::120]*5(---(=^-[::48]*5(---?-N=))-N=)
}

Observe a -[,,,1]NHparte onde usamos a opção “chegada” para o título antes NHpara que ele “chegue” em Nem vez de H.

Última peça: o segundo gancho que se conecta ao primeiro gancho:

\chemfig{
  (=_[::-120]*5(-N=(-=_[::-48]*5(-[,,,1]NH-?---))---))
  -[::120]*5(---(=^-[::48]*5(---?-N=))-N=)
}

A rotação de 90 graus é fácil adicionando [:90]ou [:-90]no início da molécula. Ambas as variações necessitam de ajustes no NHgrupo:

• [:90]:-[,,,2]HN-[,,2]
• [:-90]:-[,,,1]NH-[,,1]

O código completo:

\documentclass{article}
\usepackage{chemfig}

\begin{document}

\chemfig{
  [:90](=_[::-120]*5(-N=(-=_[::-48]*5(-[,,,2]HN-[,,2]?---))---))
  -[::120]*5(---(=^-[::48]*5(---?-N=))-N=)
}

\bigskip

\chemfig{
  [:-90](=_[::-120]*5(-N=(-=_[::-48]*5(-[,,,1]NH-[,,1]?---))---))
  -[::120]*5(---(=^-[::48]*5(---?-N=))-N=)
}

\end{document}

---

Você sempre pode ajustar ângulos ou outros detalhes posteriormente:

\chemfig{
  [:90](=_[::-117]*5(-N=(-=_[::-54]*5(-[,,,2]HN-[,,2]?---))---))
  -[::117]*5(---(=^-[::54]*5(---?-N=))-N=)
}