Não tenho certeza do que há de errado com o arquivo .tex e não consigo gerar um MWE, mas parece que meu manuscrito usa hifenização (dividir uma palavra em duas linhas) em lugares estranhos.
Por exemplo, ele divide a palavra sem para sem-t e a palavra ou para ou (!).
Há exemplos desse tipo em todo o manuscrito e não tenho certeza do que está causando isso. Alguma ideia do que controla isso?