Eu uso o Sublime 3 (no Mac) com o plugin LaTeXTools e quando eu construir o arquivo ele usará o Skim para mostrar o pdf criado. Usei mais ou menos a mesma abordagem na minha máquina Windows há algum tempo e uma das maiores diferenças era que no Windows o visualizador de PDF não mudava de posição quando o arquivo era alterado.
Mais claramente, no Skim ele irá para a posição atual do cursor no arquivo .tex e isso não é realmente desejável, pois tenho que rolar até a posição que estava lendo. Além disso, não consigo manter o cursor na posição desejada no Sublime, pois o documento é feito a partir de vários arquivos incluídos.
Tentei encontrar algumas preferências no Skim ou alterar de alguma forma meu fluxo de trabalho, mas sem sucesso.
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Esse é um recurso do pacote LaTeXTools (também deve funcionar no Windows). Você pode desativá-lo configurandoforward_syncem falsesuas configurações.
Apenas abraPreferências > Configurações do pacote > LaTeXTools > Configurações - Usuário, pesquise forward_synce defina o valor como false.