Para imagens, encontrei a solução fornecida nestas perguntas e respostas (Como cortar o fundo da imagem automaticamente?) muito útil e fácil de usar. Agora também quero usar isso para meus gráficos exportados do Matlab no formato eps. Como isso poderia ser feito? O código para cortar imagens automaticamente fica assim (copiado do link acima):
\documentclass{article}
\usepackage{graphicx}
\begin{document}
\section*{Original image}
\fbox{\includegraphics[width=\linewidth]{image.png}}
\section*{Trimmed and clipped image}
\fbox{\includegraphics[width=\linewidth,trim=6.5cm 6cm 6.5cm 4cm,clip]{image.png}}
\section*{Automatic crop}
Note: compile with \verb|--shell-escape|\\
\newcommand\cropped[1]{%
\immediate\write18{convert -trim #1.png #1cropped.png}%
\includegraphics[width=\linewidth]{#1cropped.png}}
\fbox{\cropped{image}}
\end{document}