Substitua células vazias por NaNs em pgfplotstable

Question

Preciso plotar o conteúdo de um arquivo csv. A tabela do arquivo contém várias células vazias que devem ser substituídas por NaNs para que a plotagem dos dados com a unbounded coords=jumpopção interrompa a plotagem nas posições dos valores faltantes.

Pensei em usar a empty cells withchave, mas não funciona como esperado. No exemplo a seguir, a primeira tabela contém células vazias que são automaticamente substituídas por NaNs e não funciona; a segunda tabela já contém células NaNs e funciona corretamente.

\documentclass{article}
\usepackage{pgfplotstable}
\pgfplotsset{compat=1.14}
\usepgfplotslibrary{groupplots}
\usepackage{filecontents}

% the next table won't work properly
\begin{filecontents}{testtablea.csv}
a;b
0;0
1;1
2;2
3;2
4;2
5;2
6;
7;
8;2
9;1
10;0
\end{filecontents}

% this will work instead
\begin{filecontents}{testtableb.csv}
a;b
0;0
1;1
2;2
3;2
4;2
5;2
6;NaN
7;NaN
8;2
9;1
10;0
\end{filecontents}

\pgfplotstableset{empty cells with={NaN}}
\pgfplotstableread[col sep=semicolon]{testtable1.csv}\testtablea
\pgfplotstableread[col sep=semicolon]{testtable2.csv}\testtableb
\begin{document}
\centering
\pgfplotstabletypeset{\testtablea}\hspace{3cm}
\pgfplotstabletypeset{\testtableb}

\begin{tikzpicture}
\begin{axis} [title=automatic replacement, anchor=north east, width=7cm]
\addplot+ [unbounded coords=jump] table {\testtablea};
\end{axis}
\hspace{1cm}

\begin{axis} [title=well defined table, anchor=north west, width=7cm]
\addplot+ [unbounded coords=jump] table {\testtableb};
\end{axis}
\end{tikzpicture}
\end{document}

Então a questão é:

1) como posso substituir as células vazias no arquivo csv original para pgfplotstableatingir meu objetivo?

ou

2) como posso pular diretamente os valores vazios em a pgfplot(isto é, sem pgfplotstable)?

Answer 1

Com o pacote ifthenvocê pode adicionar

y filter/.code={\ifthenelse{\equal{#1}{}}{\def\pgfmathresult{nan}}{}}

como opção de plotagem ou opção de eixo.

Código:

\documentclass{article}
\usepackage{pgfplotstable}
\pgfplotsset{compat=1.14}
\usepackage{ifthen}% <- added
% the next table won't work properly
\begin{filecontents}{testtablea.csv}
a;b
0;0
1;1
2;2
3;2
4;2
5;2
6;
7;
8;2
9;1
10;0
\end{filecontents}

% this will work instead
\begin{filecontents}{testtableb.csv}
a;b
0;0
1;1
2;2
3;2
4;2
5;2
6;NaN
7;NaN
8;2
9;1
10;0
\end{filecontents}

\pgfplotstableset{empty cells with={NaN}}
\pgfplotstableread[col sep=semicolon]{testtablea.csv}\testtablea
\pgfplotstableread[col sep=semicolon]{testtableb.csv}\testtableb
\begin{document}
\centering
\pgfplotstabletypeset{\testtablea}\hspace{3cm}
\pgfplotstabletypeset{\testtableb}

\begin{tikzpicture}
\begin{axis} [title=automatic replacement, anchor=north east, width=7cm]
\addplot+[
  y filter/.code={\ifthenelse{\equal{#1}{}}{\def\pgfmathresult{nan}}{}},% <- added
  unbounded coords=jump
]  table {\testtablea};
\end{axis}
\hspace{1cm}
\begin{axis} [title=well defined table, anchor=north west, width=7cm]
\addplot+ [unbounded coords=jump] table {\testtableb};
\end{axis}
\end{tikzpicture}
\end{document}