O Yum foi projetado de tal maneira (ou é o sistema subjacente) que você pode atualizar com segurança um binário enquanto ele está em execução? Por exemplo, você tem o MySQL 5.5 e corre yum -y install mysql56-serverpara atualizar para o MySQL 5.6, geralmente não reclama. Isso significa que não há problema em fazer isso? Será que alguma biblioteca ou binário necessário já está carregado no contexto de memória do processo?
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Atualizar um pacote vai mudar o que está acontecendodisco, mas não mudará o que éem memóriajá. Você deve reiniciar o serviço para que a nova versão dos binários seja carregada.
Está tudo bem depende da aplicação. Ele tentará carregar dinamicamente uma biblioteca em algum momento que ainda não o fez? Essa biblioteca ainda existirá? A biblioteca terá mudado de alguma forma e não funcionaria mais?
Se for algo (como mysql) que lhe interessa, não consigo pensar em um motivo para não estar seguro e interrompê-lo antes de atualizar o pacote. Como a atualização não afetará o processo em execução até que seja reiniciado de qualquer maneira, não é como se você tivesse se salvado de ter que desativar o serviço.
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Geralmente, a forma como uma atualização funciona é excluir e reinstalar uma nova versão de um arquivo. De acordo com o padrão UNIX/Linux, um arquivo excluído não é necessariamente removido até que TODAS as instâncias abertas do arquivo sejam fechadas. Coisas que executam binários sendo atualizados (cuidado com bibliotecas compartilhadas) não devem ser afetadas.
Dito isto... No entanto, se você estiver preocupado com a integridade, eu interromperia as operações e programas críticos associados antes da atualização.
Tenha um backup pronto em qualquer evento se você realmente quiser estar preparado.