Eu tinha uma versão do MikTex rodando no Ubuntu 16.04 que atualizei, fazendo com que ele parasse de funcionar. De acordo com as páginas oficiaishttps://miktex.org/howto/install-miktex-unxa instalação precisa ser concluída executando o console MiKTeX na GUI.
Existe uma maneira de concluir a instalação usando apenas linha de comando? Não tenho acesso GUI (minha instalação está em um servidor usado para suportar o RStudio).
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Se o MiKTeX parou de funcionar após uma atualização, recomendo que você envie um problema. Se quiser apenas finalizar a configuração após uma nova instalação, você pode fazer isso na linha de comando. Qualquer
miktexsetup finish
se você deseja uma instalação privada, ou
sudo miktexsetup --shared=yes finish
se você deseja uma instalação compartilhada (em todo o sistema).
Espero que isto ajude.
(Obrigado por apontar isso. Atualizei a página que você mencionou.)