Responder1
Você pode modificar o comportamento da continuação do quadro com\setbeamertemplate{frametitle continuation}{\insertcontinuationcount}
MWE:
\documentclass{beamer}
\setbeamertemplate{frametitle continuation}{\insertcontinuationcount}
\begin{document}
\begin{frame}[allowframebreaks, noframenumbering, fragile]{Protocol}
abc
\vspace{20cm}
edf
\end{frame}
\end{document}
Responder2
talvez você esteja interessado nesta solução :-)
\newcounter{cont}
\makeatletter
\setbeamertemplate{frametitle continuation}{%
\setcounter{cont}{\beamer@endpageofframe}%
\addtocounter{cont}{1}%
\addtocounter{cont}{-\beamer@startpageofframe}%
(\insertcontinuationcount/\arabic{cont})%
}% end frame title continuation
\makeatother