Estou tentando instalar um módulo python chamado lxmlpara minha conta em um supercomputador executando RHEL.
Eu façoNÃOter acesso root ou status de superusuário.
lxmlrequer as versões dev/devel de libxml2e libxslt, porque incluem arquivos de cabeçalho que lxmlprecisam ser compilados. Mas o supercomputador tem as versões não-dev instaladas em seus /usrdiretórios raiz, então instalei as versões dev em meu homediretório, construindo-as a partir do código-fonte.
Ambos foram construídos sem problemas, sem gerar erros, e todos os arquivos de cabeçalho necessários estão em $HOME/usr/local/include/libxml2/libxml, etc.
Porém, sempre que tento pip install lxml, ele tenta usar o não-dev libxml2& libxsltna raiz /bin:
[myusername@q0144 ~]$ pip install --install-option="--prefix=$HOME/python_modules" lxml
... (some unimportant messages) ...
Building against libxml2/libxslt in the following directory: /usr/local/lib
building 'lxml.etree' extension
gcc -pthread -fno-strict-aliasing -g -O2 -DNDEBUG -g -fwrapv -O3 -Wall -Wstrict-prototypes -fPIC -I/usr/local/include -I/usr/local/include/libxml2 -I/tmp/pip_build_myusername/lxml/src/lxml/includes -I/N/soft/rhel6/python/2.7.3/include/python2.7 -c src/lxml/lxml.etree.c -o build/temp.linux-x86_64-2.7/src/lxml/lxml.etree.o -w
In file included from src/lxml/lxml.etree.c:346:
/tmp/pip_build_myusername/lxml/src/lxml/includes/etree_defs.h:9:31: error: libxml/xmlversion.h: No such file or directory
/tmp/pip_build_myusername/lxml/src/lxml/includes/etree_defs.h:11:4: error: #error the development package of libxml2 (header files etc.) is not installed correctly
...(many more lines saying that the headers are missing, etc.)
E há mais algumas dezenas de linhas dizendo que os pacotes de desenvolvimento não estão instalados corretamente, pois estão olhando para os pacotes errados.
Como faço para que o sistema use as versões libxml2que libxsltinstalei?
Eu até forneço meus diretórios $HOME/bin, $HOME/usr, etc. primeiro em .cshrc.
Só para ter certeza de cobrir todas as minhas bases, também tentei construir lxmla partir do código-fonte, seguindo as instruções do build.txtdocumento incluído no tarball do código-fonte:
[myusername@q0144 lxml-3.3.5]$ python setup.py build_ext -i -I $HOME/usr/include/libxml2/libxml --without-cython --with-xslt-config=$HOME/usr/local/bin/xslt-config
Building lxml version 3.3.5.
Building without Cython.
Using build configuration of libxslt 1.1.28
Building against libxml2/libxslt in the following directory: /usr/local/lib
/N/soft/rhel6/python/2.7.3/lib/python2.7/distutils/dist.py:267: UserWarning: Unknown distribution option: 'bugtrack_url'
warnings.warn(msg)
running build_ext
building 'lxml.etree' extension
gcc -pthread -fno-strict-aliasing -g -O2 -DNDEBUG -g -fwrapv -O3 -Wall -Wstrict-prototypes -fPIC -I/usr/local/include -I/usr/include/libxml2 -I/N/hd00/myusername/Quarry/python_modules/lxml-3.3.5/src/lxml/includes -I/N/u/myusername/Quarry/usr/include/libxml2/libxml -I/N/soft/rhel6/python/2.7.3/include/python2.7 -c src/lxml/lxml.etree.c -o build/temp.linux-x86_64-2.7/src/lxml/lxml.etree.o -w
In file included from src/lxml/lxml.etree.c:346:0:
/N/hd00/rccaton/Quarry/python_modules/lxml-3.3.5/src/lxml/includes/etree_defs.h:
13:32: fatal error: libxslt/xsltconfig.h: No such file or directory
compilation terminated.
error: command 'gcc' failed with exit status 1
Então, basicamente, tenho o mesmo problema ao olhar /user/local/libem vez dos meus $HOME/userdiretórios etc.
Como faço para contornar isso?
Responder1
Certifique-se binde que os subdiretórios de ambos os pacotes (libxml2/libxslt) estejam no seu arquivo PATH. Eles contêm *-configscripts que são usados durante a compilação do lxml para descobrir onde libxml2/libxslt foram instalados.
[pdobrogost@host /]$ echo $PATH
(...):/opt/libxslt-1.1.27/bin:/opt/libxml2-2.6.32/bin:(...)
[pdobrogost@host /]$ which xml2-config && which xslt-config
/opt/libxml2-2.6.32/bin/xml2-config
/opt/libxslt-1.1.27/bin/xslt-config