Estou escrevendo um relatório com látex mas \printbibliographydá Undefined control sequenceerro. Este é um extrato do meu arquivo .tex:
\documentclass[]{article}
\usepackage[backend=biber, sorting=none, maxnames=35]{biblatex}
\addbibresource{report.bib}
\title{Title}
\begin{document}
\maketitle
Report content \cite{hkust}\cite{hkust_cat}\cite{geom}\cite{dreiding}\cite{cp2k}\cite{charmm}\cite{Smit}\cite{csd1}\cite{csd2}.
\printbibliography
\end{document}
E este é o meu arquivo .bib:
@article{Smit,
author = {Boyd, Peter G. and Moosavi, Seyed Mohamad and Witman, Matthew and Smit, Berend},
title = {Force-Field Prediction of Materials Properties in Metal-Organic Frameworks},
journal = {The Journal of Physical Chemistry Letters},
volume = {8},
number = {2},
pages = {357-363},
year = {2017},
doi = {10.1021/acs.jpclett.6b02532}
}
@article{dreiding,
author = {Mayo, Stephen L. and Olafson, Barry D. and Goddard, William A.},
title = {DREIDING: a generic force field for molecular simulations},
journal = {The Journal of Physical Chemistry},
volume = {94},
number = {26},
pages = {8897-8909},
year = {1990},
doi = {10.1021/j100389a010}
}
@article {hkust,
author = {Chui, Stephen S.-Y. and Lo, Samuel M.-F. and Charmant, Jonathan P. H. and Orpen, A. Guy and Williams, Ian D.},
title = {A Chemically Functionalizable Nanoporous Material [Cu$_3$(TMA)$_2$(H$_2$O)$_3$]$_n$},
journal = {Science},
volume = {283},
number = {5405},
pages = {1148--1150},
year = {1999},
doi = {10.1126/science.283.5405.1148}
}
@article{charmm,
author = {MacKerell, A. D. and Bashford, D. and Bellott, M. and Dunbrack, R. L. and Evanseck, J. D. and Field, M. J. and Fischer, S. and Gao, J. and Guo, H. and Ha, S. and Joseph-McCarthy, D. and Kuchnir, L. and Kuczera, K. and Lau, F. T. K. and Mattos, C. and Michnick, S. and Ngo, T. and Nguyen, D. T. and Prodhom, B. and Reiher, W. E. and Roux, B. and Schlenkrich, M. and Smith, J. C. and Stote, R. and Straub, J. and Watanabe, M. and Wi{\'o}rkiewicz-Kuczera, J. and Yin, D. and Karplus, M.},
title = {All-Atom Empirical Potential for Molecular Modeling and Dynamics Studies of Proteins},
journal = {The Journal of Physical Chemistry B},
volume = {102},
number = {18},
pages = {3586-3616},
year = {1998},
doi = {10.1021/jp973084f}
}
@article{cp2k,
title={cp2k: atomistic simulations of condensed matter systems},
author={Hutter, J{\"u}rg and Iannuzzi, Marcella and Schiffmann, Florian and VandeVondele, Joost},
journal={Wiley Interdisciplinary Reviews: Computational Molecular Science},
volume={4},
number={1},
pages={15--25},
year={2014}
}
@article{lammps,
title={Fast Parallel Algorithms for Short-Range Molecular Dynamics},
author={Steve Plimpton},
journal={The Journal of Computational Physics},
volume={117},
number={1},
pages={1-19},
year={1995}
}
@article{lbfgs,
title={On the Limited Memory BFGS Method for Large Scale Optimization},
author={Dong C., Liu and Jorge, Nocedal},
journal={The Journal Mathematical Programming},
volume={45},
number={},
pages={503-528},
year={1989},
doi={10.1007/BF01589116}
}
@article{fire,
title = {Structural Relaxation Made Simple},
author = {Bitzek, Erik and Koskinen, Pekka and G{\"a}hler, Franz and Moseler, Michael and Gumbsch, Peter},
journal = {Physical Review Letters},
volume = {97},
issue = {17},
pages = {170201-170205},
numpages = {},
year = {2006},
month = {},
publisher = {},
doi = {10.1103/PhysRevLett.97.170201}
}
@article{hkust_cat,
author = {Alaerts, Luc and S{\'e}guin, Etienne and Poelman, Hilde and Thibault-Starzyk, Fr{\'e}d{\'e}ric and Jacobs, Pierre A. and De Vos, Dirk E.},
title = {Probing the Lewis Acidity and Catalytic Activity of the Metal-Organic Framework [Cu$_3$(btc)$_2$]},
journal = {Chemistry: A European Journal},
volume = {12},
number = {28},
year = {2006},
pages = {7353-7363},
doi = {10.1002/chem.200600220}
}
@article {Murnaghan,
author = {Murnaghan, Francis D.},
title = {The Compressibility of Media under Extreme Pressures},
volume = {30},
number = {9},
pages = {244--247},
year = {1944},
doi = {10.1073/pnas.30.9.244},
journal = {Proceedings of the National Academy of Sciences}
}
@article{geom,
author = {Prestipino, C. and Regli, L. and Vitillo, J. G. and Bonino, F. and Damin, A. and Lamberti, C. and Zecchina, A. and Solari, P. L. and Kongshaug, K. O. and Bordiga, S.},
title = {Local Structure of Framework Cu(II) in HKUST-1 Metallorganic Framework: Spectroscopic Characterization upon Activation and Interaction with Adsorbates},
journal = {Chemistry of Materials},
volume = {18},
number = {5},
pages = {1337-1346},
year = {2006},
doi = {10.1021/cm052191g},
}
@article{csd1,
author = {Allen, Frank H.},
title = "{The Cambridge Structural Database: a quarter of a million crystal structures and rising}",
journal = {Acta Crystallographica Section B},
year = {2002},
volume = {58},
pages = {380--388},
doi = {10.1107/S0108768102003890},
}
@article{csd2,
author = {Groom, Colin R. and Allen, Frank H.},
title = {The Cambridge Structural Database in Retrospect and Prospect},
journal = {Angewandte Chemie International Edition},
volume = {53},
number = {3},
pages = {662-671},
doi = {10.1002/anie.201306438},
year = {2014},
}
Quando executo o arquivo .bib, ele diz:
AVISO - A entrada 'charmm' possui caracteres que não podem ser codificados em 'ascii'. Recodificando caracteres problemáticos em macros.
Mas acho que resolvi esse problema escrevendo os caracteres não ingleses entre chaves.
Outro problema é que quando compilo o relatório ele imprime algo estranho para \geomreferência. Aqui está a página de referências. Verifique a referência 3.
Não sei como resolver esse problema. Verifiquei as outras perguntas aqui, mas nenhuma delas foi útil. Qualquer ajuda é apreciada.
Responder1
Quando executo o MWE em um sistema LaTeX moderno (mais recente que abril de 2018), o LaTeX reclama
! Package inputenc Error: Unicode character (U+2009)
(inputenc) not set up for use with LaTeX.
E, de fato, copie e cole seu .bibarquivo emhttps://w3c.github.io/xml-entities/unicode-names.htmle procure por U+2009 na saída mostra que o título da entradageom
title = {Local Structure of Framework Cu(II) in HKUST-1 Metallorganic Framework: Spectroscopic Characterization upon Activation and Interaction with Adsorbates},
tem um espaço fino (U+2009) após os dois pontos em vez de um espaço normal.
Poderíamos dizer ao LaTeX o que fazer com o U+2009 adicionando
\DeclareUnicodeCharacter{2009}{\thinspace}
ao preâmbulo. Mas acho que neste caso um espaço estreito não é apropriado.
Eu sugiro que você substitua o espaço fino por um espaço normal.
A mensagem
WARN - The entry 'charmm' has characters which cannot be encoded in 'ascii'. Recoding problematic characters into macros.
sugere que você pode estar usando um sistema LaTeX mais antigo (anterior a abril de 2018), onde ASCII ainda é a codificação padrão e não UTF-8. Nesse caso, Biber tenta converter caracteres não-ASCII para seus equivalentes em LaTeX, mas aparentemente não consegue fazer algo sensato para o U+2009.
Neste caso, a única maneira de fazer as coisas voltarem a funcionar rapidamente é substituindo o espaço fino por um normal.
Quanto aos outros avisos de caracteres não ASCII que você recebe, eles não são exatamente corrigidos pela adição de mais colchetes.
Eu sugiro que você codifique seu .texdocumento e seu .bibarquivo em UTF-8 e informe o LaTeX sobre isso carregando \usepackage[utf8]{inputenc}(esse último bit não é mais necessário nas versões mais recentes do LaTeX, porque UTF-8 é o padrão).
Em geral énãoé melhor para o Biber inserir Wiórkiewicz-Kuczeracomo Wi{\'o}rkiewicz-Kuczera( charmm) contanto que você diga ao Biber qual codificação irá usar. Eu prefiro fortemente caracteres Unicode aqui, se possível, porque isso evita um par desnecessário de chaves (que poderia destruir o kerning). O mesmo vale para J{\"u}rg/ Jürg( cp2k) e S{\'e}guin/Séguin( hkust_cat).
Você também pode querer dar uma olhada no título dehkust
title = {A Chemically Functionalizable Nanoporous Material [Cu$_3$(TMA)$_2$(H$_2$O)$_3$]$_n$},
parece um leve abuso do modo matemático. Existem pacotes dedicados comomhchemechemmacrosque permitem que você componha fórmulas químicas sem ter que alternar entre o modo de texto e o modo matemático.