Como posso compilar alguma fonte LaTeX em PDF e manter a fonte LaTeX como alguma meta-informação no PDF? (ou de alguma forma incorporado de forma que seja fácil recuperar a fonte LaTeX, tendo a opção de não visualizá-la ao ler o PDF)
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Isso pode ser um pouco complicado, mas você pode editar arquivos PDF diretamente. Se o texto for curto, você pode simplesmente abrir o arquivo pdf em um editor de texto como o vim e escrever um comentário, por exemplo, "%Este arquivo foi escrito pelo Batman". No entanto, isso não seria gerado toda vez que você compilasse o documento latex.
Uma alternativa poderia ser adicionar algo a um makefile (se você estiver usando um makefile para compilar o documento) que anexe a string desejada ao arquivo PDF de saída.