Estou muito confuso. Acabei de escrever um artigo usando MikTex e usei a bibliografia simples para cerca de 20 referências. Eu uso \begin{thebibliography}{99} .... \end{the....} e identifico as referências com \bibitem{tag1} etc. Insirai as referências na bibliografia na ordem em que as cito no texto usando \bibitem{tag1} etc, ou seja, eu cito primeiro o primeiro item da bibliografia, o segundo depois etc. Tudo funciona bem. Eu \cito{*} referências no artigo totalmente fora de sequência e está tudo bem. Porém, se eu mover a primeira referência da bibliografia para o final da lista, de modo que o segundo item da lista se torne o primeiro e depois compilar, quando verifico a saída, tudo fica fora de ordem. Já faz muito tempo que não utilizei a bibliografia, mas achei irrelevante a ordem dos itens nela contidos. Se não for esse o caso, não parece haver muito sentido nisso. E é o mesmo quando se usa Bibtex? Tenho algo errado ou até mesmo um bug no meu PC? Por favor, tire-me da minha miséria.
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Se você escreveu a bibliografia à mão, entãovocêtenha controle total sobre o pedido, é o pedido que você insere \bibitem no thebibliographyambiente.
Normalmente é recomendado que você não escreva o thebibliographyambiente sozinho, mas gere-o usando bibtex (ou biblatex+biber), caso em que o ambiente gerado \bibitemserá ordenado de acordo com a ordem especificada no estilo da bibliografia, normalmente ordem alfabética dos nomes dos autores, ou ordem de referência em seu documento.