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Partes da imagem PDF do ggplot desaparecendo

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Partes da imagem PDF do ggplot desaparecendo

Estou usando o tufte-bookdocumentclass e o modelo. Tenho exportado ggplot2imagens para formato PDF e depois incluído em LaTeX nos figureambientes.

Tudo estava indo bem, até que um dia alguns pontos nos gráficos simplesmente... desapareceram. Eles estavam lá em versões anteriores do documento. Especificamente formato de ponto 16 pol.ggplot2(a forma padrão para geom_point) não aparece mais. Outras formas aparecem bem. Eu tentei reinstalarggplot2, tentei me livrar tufte-book(como no reprex), sem dados. Também tentei construir com xelatex e pdflatex. Isto é ainda mais confuso porqueusadofuncionar perfeitamente e não consigo pensar no que poderia ter mudado. Qualquer dica seria apreciada.

Para referência, aqui está o realggplot2PDF gerado que estou incluindo:

Imagem real

e aqui está como ele aparece no meu documento LaTeX (na versão tufte-latex, embora o problema também apareça na versão documentclass{article} no reprex):

Imagem em LaTeX

Aqui está o código. Não acho que esteja fazendo nada incomum aqui:

Para gerar o gráfico:

library(tidyverse)

# Police and crime
library(wooldridge)
data(crime4)

ggplot(crime4, aes(x = polpc, y = crmrte)) + 
  geom_point() + 
  theme_minimal() + 
  scale_x_log10() + 
  scale_y_log10() + 
  labs(x = "Police per Capita (log scale)",
       y = "Crime Rate (log scale)")
ggsave('crime1.pdf', width = 6, height = 5)

E o próprio documento LaTeX

\documentclass{article}

\usepackage{graphicx}

\begin{document}

\begin{figure}[h!]
    \caption{Police Presence and Crime Rate by County, North Carolina 1981-1987}
    \label{fig:causaldiagrams-crime1}
    \includegraphics{"crime1.pdf"}
\end{figure}

\end{document}

Responder1

Desculpe, não posso comentar, então tenho que responder: Os pontos estão faltando na visualização do seu editor LaTex ou também no documento compilado quando você o abre em outro visualizador de PDF? Eu tive o mesmo problema e os pontos só estavam faltando no visualizador de pdf integrado do TeXmaker, mas não em outros programas... No meu caso, todos os pontos redondos (pch em {16, 19, 20, 21}) produzidos em R estavam faltando, mas parece que era apenasum problema do visualizador de pdf(ou seja, os símbolos que ele entende). Tente abrir o documento completo que você compilou com o mesmo visualizador de PDF que exibiu o PDF do gráfico corretamente. Se funcionar, era o visualizador de PDF o tempo todo.

Além disso, observe que o "mesmo" visualizador de PDF pode se comportar de maneira diferente dependendo do seu sistema operacional. A princípio pensei que fosse o sistema operacional, já que o TeXmaker mostrava os pontos no Linux, mas não no Windows. Então fiz "a mesma coisa" duas vezes com resultados diferentes.

Suponho que seja como se Marijin tivesse notado uma questão do símbolo do círculo usado por R que não é exibido corretamente. Você pode usar o cairo_pdfdispositivo sugerido em vez de pdf ou usar outro símbolo em vez de um cricle. Você também pode experimentar

geom_text(label = "\u2022", size = 10)

(pode exigir o pacote Unicode(?)). Plotando texto em vez de pontos, você pode tentar diferentes símbolos ou famílias de caracteres.

Atualização: também descobri que definir a opacidade dos pontos para um valor diferente de 1 (por exemplo, em ggplot simplesmente set alpha=0.99) impedirá que R use o caractere ZapfDingbats "problemático". Pode valer a pena tentar, parece funcionar para mim.

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