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Usar o Tikz em 3D é praticamente o mesmo que em 2D - exceto que você precisa usar coordenadas 3D em vez de 2D.
Veja como você pode desenhar uma caixa 3D (como você pode ver, você pode misturar coordenadas 2D e 3D. Nesse caso, a coordenada z das representações 2D é automaticamente assumida como zero):
\beging{tikzpicture}
\draw (0,0) -- ++(8,0) -- ++(0,-4) -- ++(-8,0) -- ++(0,4) -- ++(0,0,-4) -- ++(8,0) -- ++(0,-4) -- ++(0,0,4) ++(0,4,0) -- ++(0,0,-4);
\draw[dashed] (0,-4) -- ++(0,0,-4) -- ++(8,0,0) ++(-8,0) -- ++(0,4);
\end{tikzpicture}
E aqui está um exemplo um pouco mais complicado (onda eletromagnética):
\begin{tikzpicture}[x={(-10:1cm)},y={(90:1cm)},z={(210:1cm)}]
% Axes
\draw[->] (-1,0,0) node[above] {$x$} -- (5,0,0);
\draw[->] (0,0,0) -- (0,2,0) node[above] {$y$};
\draw[->] (0,0,0) -- (0,0,2) node[left] {$z$};
% Waves
\draw[red,thick] plot[domain=0:4.5,samples=200] (\x,{cos(deg(pi*\x))},0);
\draw[blue,thick] plot[domain=0:4.5,samples=200] (\x,0,{cos(deg(pi*\x))});
% Arrows
\foreach \x in {0.1,0.3,...,4.4} {
\draw[red] (\x,0,0) -- (\x,{cos(deg(pi*\x))},0);
\draw[blue] (\x,0,0) -- (\x,0,{cos(deg(pi*\x))});
}
% Labels
\node[red, above right] at (0,1,0) {$\vec{\bm{E}}$};
\node[below, blue] at (0,0,1) {$\vec{\bm{H}}$};
\end{tikzpicture}