
Parece que ter uma tabela longa na mesma página que um float que foi movido para lá faz com que o cálculo do comprimento seja reduzido para que o texto cubra o rodapé. MWE:
\documentclass{scrartcl}
\usepackage{mwe} % For dummy figures
\usepackage{lipsum} % For dummy text
\usepackage{graphicx}
\usepackage{scrlayer-scrpage}
\usepackage{longtable}
\usepackage{xcolor} % To visualize footer better
% Set up footer
\pagestyle{scrheadings}
\ifoot{\color{red}aaa}
\ofoot{\color{red}bbb}
\begin{document}
\section{A}
\lipsum[1-3]
\begin{figure} % Figure that will float to next page
\centering
\includegraphics[scale=1]{example-image-b}
\caption{Figure caption}
\end{figure}
\section{B}
\lipsum[1-2]
\begin{longtable}{|c|}
\hline
Table\\
\hline
\end{longtable}
\section{B}
\lipsum[1-3]
\end{document}
Observe o texto do rodapé em vermelho (para maior clareza). O mesmo acontece com látex e pdflatex. Não há necessidade de definir seu próprio rodapé, mas ficou mais claro assim. Substituirá o número da página se nenhum rodapé especial for definido.
Alguma ideia de como lidar com isso?