O que pode ser feito para se livrar desses dois avisos de formato de fonte:
Formato da fonte `LGR/ntxlf/m/n' indefinido
Formato da fonte `LGR/ntxlf/m/it' indefinido
Responder1
Posso reproduzir os avisos com
\documentclass{article}
\usepackage[T1]{fontenc}
\usepackage[greek,english]{babel}
\usepackage{newtxtext}
\begin{document}
xyz \textgreek{αβγ}
\textit{xyz \textgreek{αβγ}}
\end{document}
O terminal mostrará
LaTeX Font Warning: Font shape `LGR/ntxtlf/m/n' undefined
(Font) using `LGR/cmr/m/n' instead on input line 4.
LaTeX Font Warning: Font shape `LGR/ntxtlf/m/it' undefined
(Font) using `LGR/ntxtlf/m/n' instead on input line 11.
porque NewTX não tem suporte para grego. Você pode substituir uma fonte baseada em Times pela codificação LGR (grega).
\documentclass{article}
\usepackage[T1]{fontenc}
\usepackage[greek,english]{babel}
\usepackage{newtxtext}
\DeclareFontFamilySubstitution{LGR}{ntxtlf}{Tempora-TLF}
\begin{document}
xyz \textgreek{αβγ}
\textit{xyz \textgreek{αβγ}}
\end{document}
Alternativamente, use diretamente o Tempora.
\documentclass{article}
\usepackage[T1]{fontenc}
\usepackage[greek,english]{babel}
\usepackage{tempora}
\begin{document}
xyz \textgreek{αβγ}
\textit{xyz \textgreek{αβγ}}
\end{document}
Se precisar de matemática, você ainda pode carregar newtxmathdepois do tempora.
Responder2
Você não forneceu nenhum exemplo nem mostrou a mensagem completa.
Você poderia ter mostrado um exemplo como
\documentclass{article}
\usepackage[LGR]{fontenc}
\usepackage{newtx}
\begin{document}
x
\end{document}
que produz
LaTeX Font Warning: Font shape `LGR/ntxtlf/m/n' undefined
(Font) using `LGR/cmr/m/n' instead on input line 6.
Dizendo a você que o clone newtx Times Roman não tem a codificação LGR grega configurada e que o latex está usando um computador LGR moderno.
O que você faz então é sua escolha: você não pode usar o grego ou não usar as fontes newtx, ou pode ignorar o aviso e aceitar a substituição oferecida que usará as fontes newtx quando puder e usará o grego moderno do computador.