Como numerar fórmulas no Lyx? Existe um comando LaTeX como "\tag"? Não encontrei informações correspondentes antes.
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Quando você diz fórmulas, presumo que esteja se referindo a fórmulas em uma exibição: Insert > Math > Display Formula(existe um atalho de teclado, mas não me lembro qual é o padrão). Estes são \[ \]ambientes LaTeX e tornam-se \equationambientes mediante rotulagem ou numeração.
Depois de inserir seu display, vocêclique com o botão direito na telae pode a partir daí optar por numerá-lo ou rotulá-lo para referência cruzada. Novamente, existem atalhos de teclado.
PS. Se você deseja um \alignambiente, Shift + Entercom o cursor no display, numere as linhas (por exemplo, clicando com o botão direito).