tenho que executar o pdflatex duas vezes depois do biber, ou uma vez é o suficiente?
pdflatex doc
biber doc
pdflatex doc
Eu poderia jurar que li na documentação que (ao contrário do bibtex) um único pdflatex após o biber era suficiente. Isso é o que tenho feito sem problemas. Mas alguém pode confirmar isso para mim?
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A forma como biblatexos números/rótulos de citação são atribuídos é diferente do BibTeX 'tradicional', pois os dados da bibliografia são lidos no preâmbulo. Como tal, a receita 'mínima' ao usar biblatexé <engine><backend><engine>tanto quando <backend>é Biber quanto quando é BibTeX. Isto se aplica a todos os motores (então pdfLaTeX, XeLaTeX, LuaLaTeX).
Observe que pode haver outros fatores que exigem mais execuções do mecanismo ou do back-end. Uma óbvia é usar citações dentro do próprio texto da bibliografia, como em um exemplo recente na área de química:Como conseguir a compactação total de referências com o Biber e adicionar comentários às citações agrupadas?.