Eu estava fazendo algumas pesquisas (pesquisando no Google) sobre o assunto, mas tudo que consegui encontrar foram postagens de 2 a 3 anos. Estou interessado na situação de hoje. Qual você prefere e por quê?
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FastCGI é minha preferência. Não tanto por causa da tecnologia, mas apenas por ser usada em tantos serviços de hospedagem compartilhada. Também é compatível com diversas linguagens/frameworks de desenvolvimento, como Django e PHP, e funciona com o servidor Apache, que é altamente popular em servidores baseados em Unix.
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O FastCGI permite tecnicamente a multiplexação duplex, enquanto o SCGI não (nem mesmo a multiplexação unidirecional). SCGI é adequado para sites pequenos com baixo tráfego, onde cada solicitação é tratada totalmente, uma de cada vez, após a conclusão, e por sua vez.
FastCGI é mais comum que SCGI, ou seja, o protocolo FastCGI é mais um padrão do que SCGI. A data da última revisão do protocolo FastCGI não implica nada de errado, apenas não há problema em não atualizar um protocolo que não precisa disso.
Se me permitem, diria apenas que comparar FastCGI e SCGI é como comparar XML e um formato de serialização personalizado, como JSON ou sua variante LISP. Algumas pessoas reclamaram que o XML é muito complexo e criaram seu próprio formato, considerado mais simples, mas que se mostra mais complexo que o XML, pois as coisas aumentam um pouco em tamanho ou complexidade. Da mesma forma com FastCGI vs SCGI.
FastCGI é tecnicamente mais resiliente e robusto, e essa é provavelmente a razão pela qual é mais amplamente implantado que o SCGI.
Dito isto, o SCGI ainda é pelo menos melhor que o CGI (o clássico lançamento de um processo por solicitação).
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Não 100% nisso, mas meu entendimento é:
SCGI = mais fácil de implementar
FCGI = Melhor desempenho