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Dois aplicativos executam E/S de rede simultaneamente. Por exemplo, Firefox e Download Accelerator.
A ideia é deixar servir a fila de pacotes do Firefox antes de servir os do Download Accelerator. (Bem, quase o tempo todo - permita que uma parte do Download Accelerator passe para evitar a interrupção das conexões)
Não há problema em configurá-los para usar um proxy local (talvez com credenciais diferentes).
Qual proxy local, um firewall ou... você escolhe... pode fazer isso?
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Você pode tentar este: Modelador de Tráfego
Parece que funcionaria para o que você deseja fazer. Também tem alguns bons tutoriais no site, caso você não esteja familiarizado com a configuração de firewalls.
Responder2
Acho que a frase mágica que você deseja pesquisar no Google é "modelagem de tráfego".
É possível construir um shaper com Linux e iptables, ou você pode gastar grandes quantias de dinheiro para comprar um dispositivo (por exemplo, do Packeteer) para fazer o trabalho para você.