Está executando um trabalho noturno que atualiza demais as estatísticas? Isso pode afetar o desempenho do sistema?
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Depende. Quanto tempo leva uma atualização noturna? A atualização está acontecendo em um período de consulta lento/a criação automática de estatísticas ainda está ativada?
Cada banco de dados possui duas opções relacionadas às estatísticas: criação automática de estatísticas e atualização automática de estatísticas. Normalmente, ambos devem ser deixados habilitados para bancos de dados. As estatísticas são atualizadas automaticamente quando determinados limites no SQL Server são atingidos (por exemplo, uma porcentagem de alterações de linha nas quais a estatística foi baseada). Quando o limite for atingido, o SQL Server atualizará automaticamente as estatísticas definidas na tabela.
Se a sua janela de manutenção permitir, você certamente deve atualizar as estatísticas todas as noites, pois o sistema de atualização automática certamente não é perfeito.