Encontrei informações sobre como desinstalar a maioria dos .NET Frameworks usando o Msizap, mas estou tendo problemas para desinstalar o .NET 3.5 Framework. Algumas DLLs foram corrompidas devido a um ataque de vírus recente e estou tendo problemas para executar alguns dos meus aplicativos .NET 1.1 que usam toda a biblioteca .NET. Criar e executar um aplicativo .NET 1.1 de teste com apenas uma caixa de mensagens parece funcionar muito bem, mas, além disso, é complicado.
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Você pode tentar a ferramenta de limpeza dot net. Tive que usar uma vez e funcionou muito bem.
Ferramenta
http://cid-27e6a35d1a492af7.skydrive.live.com/self.aspx/Blog_Tools/dotnetfx_cleanup_tool.zip
Guia de usuario
http://blogs.msdn.com/astebner/pages/8904493.aspx
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Se o seu software antivírus não conseguir limpá-lo, a solução recomendada é uma limpezaré-instalar detudoem vez de tentar encontrar e consertar peças individuais. Você nunca sabe onde as coisas podem estar escondidas.