Quero que o gmatrix xscreensaver seja executado como plano de fundo da área de trabalho, que funciona bem no openbox puro, mas no xfce preciso matar o que quer que esteja executando a janela raiz (até onde eu entendo). Que processo é esse no xfce?
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A parte que você está procurando é xfdesktop.
Você deve conseguir desativá-lo no gerenciador de sessão ( xfce4-session-settings)
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Vá para Configurações> Ajustes do Gerenciador de Janelas e a última guia é Compositor. Desmarque.