conversão múltipla de bam para cama usando bedtools

Question

Tenho dez arquivos .bam (formato bioinformático) e gostaria de convertê-los para 10 arquivos .bed, mas para esta conversão preciso utilizar um comando especial

bedtools bamTobed -i (input file) > output file.bed

Answer 1

Sua pergunta não está muito clara, mas talvez este comando do shell ajude.

for x in *.bam; do
    bedtools bamTobed -i "$x" >"${x%.bam}.bed"
done

Answer 2

você pode fazer algo como:

parallel --jobs <int> "bamToBed -i {} > {.}.bed" ::: *.bam