Fiz backup do meu site e refiz totalmente meu servidor com um painel de controle diferente que criou uma estrutura de diretório diferente /var/www/vhosts/user/site.com/httpdocs Coloquei os arquivos na pasta httpdocs e coloquei o banco de dados de volta corretamente (eu acho) posso ver a página principal, mas clicar em qualquer link me dá uma mensagem de não encontrado. Tentei executar update.php e também não consigo acessar /user/login.
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Parece que seu apache não tem o mod_rewrite habilitado, o que é necessário para ter urls limpos habilitados no Drupal. Certifique-se de habilitar isso ... no Ubuntu a2enmod rewrite resolverá o problema.
Tente acessar ?q=user/login e veja se isso permite que você faça login no seu site.