Eu estava instalando o ntp em um servidor Ubuntu que estava com a hora errada por um minuto, e comecei a me perguntar: como é que chegou a hora, para começar? Existe algum outro processo que define a hora na inicialização? Ou esse tempo inicial foi propagado apenas quando a VM foi instanciada?
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Provavelmente está lendo-o no BIOS do seu servidor.